Nové Hrady byly ve středověku významnou pohraniční pevností. V pramenech je doloženo slovanské hradiště, ve 13. století zde byl vybudován vrcholně středověký hrad (Gretzen) patřící rodu Vítkovců. Po roce 1620 se Nové Hrady stávají rezidenčním městem Buquoyů, kteří zde sídlili až do roku 1945, a to nejprve v přestavěném rožmberském domě na náměstí, přebudovaném na barokní rezidenci, později v nově vybudovaném raně klasicistním zámku na okraji historického centra města. Východní část území města (katastrální území Nakolice, Obora u Vyšného a Vyšné) byla k Československu připojena až 31. července 1920 jako součást tzv. Západního Vitorazska a v rámci Čech začleněna do soudního okresu Nové Hrady v politickém okrese Kaplice. Původně tato tři katastrální území náležela k Dolním Rakousům.
Příslušnost obce: v roce 1850 obec Nové Hrady v okrese Nové Hrady; 1869 obec v okrese České Budějovice; 1921 obec v okrese České Budějovice; 1931 obec Nové Hrady (německy Gratzen) v okrese Kaplice; 1950 obec Nové Hrady v okrese Trhové Sviny; 1961 obec v okrese České Budějovice.